斯金纳实验系统的任务模式大部分建立在动物对奖赏渴望的心理因素上。进行任务前一周左右，先将动物进行饥饿处理，使动物体重控制在原有的85%-90%之间，以保证动物有动机去主动学习，完成任务。任务模式分为不同阶段，可由浅入深，逐步让动物学习。
一阶段：让动物学会如何获得奖赏。在动机的驱使下，动物会本能的不停探索箱子内部。程序可以设置为感应到动物嘴巴靠近奖赏口时，机器自动给予一定时间或者体积的奖励。一般三天之内，动物就可以熟练获得奖励（以规定时间内动物达成一定奖赏次数为标准）。
二阶段：增加更多操作性行为，例如压杆，触屏等，使相应行为与奖赏联系起来。例如实验可以设计为屏幕随机出现一个图形。基于动物探索的本能，当重复之前的行为得不到奖赏后，动物会进一步探索，相较之前的箱体环境，图形属于新鲜元素，当动物触摸图形，以奖赏作为反馈激励动物学习。实验任务一般会在规定时间内，设置一定的trail次数，每次trail之间会设置随机时间间隔，减少动物随机行为对数据的干扰。依据不同实验需求，可改变奖赏概率，任务难度等。逐步将需要付出的行为依比率增加，例如鼻触次数，压杆次数等。为激励动物做出行为，可将奖赏也按照相应比率增加。
相较于常见的行为学系统，斯金纳实验系统实验数据的评估方式更加丰富，训练方式种类多，更有利于研究多个脑区之间的投射关系。除了依据实验范式得到行为的判断指标之外，通过全程的软件数据记录，可以分析动物任务表现中的注意力，动机等多种指标。
